為切實做好甲型H1N1流感的防控工作，客運東站結合車站的特點。按照“高度重視、積極應對、聯防聯控、依法科學處置”的原則，成立以經理、為組長、副經理為副組長，部門負責人為組員的甲型H1N1流感防控”領導小組。下設后勤保障組、業務站應急分隊、保衛稽查應急分隊。并制訂了甲型H1N1流感防控應急預案，積極做好甲型H1N1流感防預工作。

    為做好預防工作，該站專門設置“疾控藥品資料室”。做好防疫物品采購，配備好預防藥品、消毒用品、口罩等防護用品。并設置隔離間，一旦發現甲型H1N1流感人員，可以立即啟動“甲型H1N1流感防控應急預案”預案，實行隔離，將其控制隔離在“留驗室”，并第一時間報告市衛生部門和交通主管部門。

    業務站應急分隊負責候車室候車、上車旅客的防控工作。保衛稽查應急分隊，負責站區及回程車輛旅客的防控工作。同時做好對員工、旅客的預防宣傳工作。